_id
stringlengths 8
8
| title
stringlengths 0
1.19k
| text
stringlengths 0
125k
| metadata
dict | processed_text
stringlengths 0
113k
| processed_title
stringlengths 0
1.11k
|
---|---|---|---|---|---|
ug7v899j | Клинические особенности инфекций Mycoplasma pneumoniae, подтвержденных культуральным исследованием, в университетской больнице короля Абдулазиза, Джидда, Саудовская Аравия | ЦЕЛЬ: В этом ретроспективном обзоре историй болезни описываются эпидемиология и клинические особенности 40 пациентов с подтвержденными культуральным исследованием инфекциями Mycoplasma pneumoniae в университетской больнице короля Абдулазиза в Джидде, Саудовская Аравия. МЕТОДЫ: Пациенты с положительным результатом теста на M. Культуры pneumoniae из респираторных образцов с января 1997 года по декабрь 1998 года были идентифицированы с помощью микробиологических записей. Были просмотрены карты пациентов. РЕЗУЛЬТАТЫ: Выявлено 40 пациентов, 33 (82,5%) из которых потребовалась госпитализация. Большинство случаев заражения (92,5%) были внебольничными. Инфекция поразила все возрастные группы, но чаще всего встречалась среди младенцев (32,5%) и детей дошкольного возраста (22,5%). Заболевание наблюдалось круглый год, но чаще всего встречалось осенью (35%) и весной (30%). Более трех четвертей пациентов (77,5%) имели сопутствующие заболевания. Двадцать четыре изолята (60%) были связаны с пневмонией, 14 (35%) — с инфекциями верхних дыхательных путей и 2 (5%) — с бронхиолитом. Наиболее распространенными симптомами были кашель (82,5%), лихорадка (75%) и недомогание (58,8%), а наиболее распространенными признаками были крепитация (60%) и хрипы (40%). У большинства больных пневмонией отмечалась крепитация (79,2%), но только у 25% наблюдалось бронхиальное дыхание. У пациентов с иммунодефицитом пневмония развивалась чаще, чем у пациентов без иммунодефицита (8/9 против 16/31, P = 0,05). Из 24 пациентов с пневмонией у 14 (58,3%) наблюдалось бессимптомное выздоровление, у 4 (16,7%) наступило выздоровление после некоторых осложнений, 3 (12,5%) умерли из-за инфекции M. pneumoniae и 3 (12,5%) умерли из-за сопутствующих заболеваний. У 3 пациентов, умерших от пневмонии, вызванной M. pneumoniae, имелись другие сопутствующие заболевания. ВЫВОД: наши результаты были аналогичны опубликованным данным, за исключением того, что инфекции чаще встречались у младенцев и детей дошкольного возраста, а уровень смертности от пневмонии у пациентов с сопутствующими заболеваниями был высоким. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC35282/",
"pubmed_id": "11472636"
} | цель это ретроспективный обзор история болезнь описываться эпидемиология клинический особенность 40 пациент подтвердить культуральный исследование инфекция mycoplasma pneumoniae университетский больница король абдулазиз джидда саудовский аравия метод пациент положительный результат тест m культура pneumoniae респираторный образец январь 1997 год декабрь 1998 год идентифицировать помощь микробиологический запись просмотреть карта пациент результат выявить 40 пациент 33 82 5 потребоваться госпитализация большинство случай заражение 92 5 внебольничный инфекция поразить всё возрастной группа частый весь встречаться среди младенец 32 5 ребёнок дошкольный возраст 22 5 заболевание наблюдаться круглый год частый весь встречаться осень 35 весна 30 четверть пациент 77 5 иметь сопутствовать заболевание двадцать четыре изолят 60 связать пневмония 14 35 инфекция верхний дыхательный путь 2 5 бронхиолит наиболее распространить симптом кашель 82 5 лихорадка 75 недомогание 58 8 наиболее распространить признак крепитация 60 хрип 40 большинство больной пневмония отмечаться крепитация 79 2 25 наблюдаться бронхиальный дыхание пациент иммунодефицит пневмония развиваться частый пациент иммунодефицит 8 9 против 16 31 p 0 05 24 пациент пневмония 14 58 3 наблюдаться бессимптомный выздоровление 4 16 7 наступить выздоровление некоторый осложнение 3 12 5 умереть инфекция m pneumoniae 3 12 5 умереть сопутствовать заболевание 3 пациент умерший пневмония вызвать m pneumoniae иметься сопутствовать заболевание вывод наш результат аналогичный опубликовать данные исключение инфекция частый встречаться младенец ребёнок дошкольный возраст уровень смертность пневмония пациент сопутствовать заболевание высокий | клинический особенность инфекция mycoplasma pneumoniae подтвердить культуральный исследование университетский больница король абдулазиз джидда саудовский аравия |
02tnwd4m | Оксид азота: провоспалительный медиатор при заболеваниях легких? | Воспалительные заболевания дыхательных путей обычно связаны с повышенной продукцией оксида азота (NO•) и повышением показателей NO•-зависимого окислительного стресса. Хотя известно, что NO• обладает антимикробными, противовоспалительными и антиоксидантными свойствами, различные данные подтверждают вклад NO• в повреждение легких в нескольких моделях заболеваний. На основании биохимических данных часто предполагается, что такие NO•-зависимые окисления обусловлены образованием окислителя пероксинитрита, хотя в условиях воспаления могут действовать альтернативные механизмы, включающие гемовые белки фагоцитарного происхождения — миелопероксидазу и эозинофильную пероксидазу. Ввиду обилия литературы по образованию и активности NO• в дыхательных путях, всесторонний обзор этой области выходит за рамки данного комментария. Вместо этого основное внимание уделяется последним данным и концепциям предполагаемого вклада NO• в воспалительные заболевания легких. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC59543/",
"pubmed_id": "11667967"
} | воспалительный заболевание дыхательный путь обычно связать повышенный продукция оксид азот no повышение показатель no зависимый окислительный стресс хотя известно no обладать антимикробный противовоспалительный антиоксидантный свойство различный дать подтверждать вклад no повреждение лёгкий несколько модель заболевание основание биохимический данные часто предполагаться no зависимый окисление обусловить образование окислитель пероксинитрит хотя условие воспаление мочь действовать альтернативный механизм включать гемовыя белка фагоцитарный происхождение миелопероксидаза эозинофильный пероксидаза ввиду обилие литература образование активность no дыхательный путь всесторонний обзор область выходить рамка данный комментарий вместо это основный внимание уделяться последний данные концепция предполагать вклад no воспалительный заболевание лёгкий | оксид азот провоспалительный медиатор заболевание лёгкий |
ejv2xln0 | Сурфактантный белок D и защита легких хозяина | Сурфактантный белок D (SP-D) участвует во врожденном ответе на вдыхаемые микроорганизмы и органические антигены, а также способствует регуляции иммунитета и воспаления в легких. SP-D синтезируется и секретируется альвеолярными и бронхиолярными эпителиальными клетками, но также экспрессируется эпителиальными клетками, выстилающими различные экзокринные протоки и слизистую оболочку желудочно-кишечного и мочеполового трактов. SP-D, коллагеновый кальций-зависимый лектин (или коллектин), связывается с поверхностными гликоконъюгатами, экспрессируемыми широким спектром микроорганизмов, а также с олигосахаридами, связанными с поверхностью различных сложных органических антигенов. SP-D также специфически взаимодействует с гликоконъюгатами и другими молекулами, экспрессируемыми на поверхности макрофагов, нейтрофилов и лимфоцитов. Кроме того, SP-D связывается со специфическими липидами, ассоциированными с поверхностно-активными веществами, и может влиять на организацию липидных смесей, содержащих фосфатидилинозитол in vitro. С этими разнообразными действиями in vitro согласуется наблюдение, что у трансгенных мышей с дефицитом SP-D наблюдается аномальное накопление поверхностно-активных липидов, а также аномальная реакция на воздействие респираторных вирусов и бактериальных липополисахаридов. Фенотип макрофагов, выделенных из легких мышей с дефицитом SP-D, изменен, и имеются косвенные доказательства того, что аномальный метаболизм оксидантов и/или повышенная экспрессия металлопротеиназ способствуют развитию эмфиземы. Экспрессия SP-D увеличивается в ответ на многие формы повреждения легких, а недостаточное накопление соответствующим образом олигомеризованного SP-D может способствовать патогенезу различных заболеваний легких у человека. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC59549/",
"pubmed_id": "11667972"
} | сурфактантный белок d sp d участвовать врождённый ответ вдыхать микроорганизм органический антиген также способствовать регуляция иммунитет воспаление лёгкий sp d синтезироваться секретироваться альвеолярный бронхиолярный эпителиальный клетка также экспрессироваться эпителиальный клетка выстилать различный экзокринный проток слизистая оболочка желудочный кишечный мочеполовой трактовый sp d коллагеновый кальций зависимый лектина коллектин связываться поверхностный гликоконъюгат экспрессируть широкий спектр микроорганизм также олигосахарид связанный поверхность различный сложный органический антиген sp d также специфически взаимодействовать гликоконъюгат молекула экспрессируть поверхность макрофаг нейтрофил лимфоцит кроме sp d связываться специфический липид ассоциированный поверхностно активный вещество мочь влиять организация липидный смесь содержать фосфатидилинозитола in vitro разнообразный действие in vitro согласоваться наблюдение трансгенный мышь дефицит sp d наблюдаться аномальный накопление поверхностно активный липид также аномальный реакция воздействие респираторный вирус бактериальный липополисахарид фенотип макрофаг выделить лёгкий мышь дефицит sp d изменить иметься косвенный доказательство аномальный метаболизм оксидант повышенный экспрессия металлопротеиназа способствовать развитие эмфизема экспрессия sp d увеличиваться ответ многие форма повреждение лёгкий недостаточный накопление соответствовать образ олигомеризованный sp d мочь способствовать патогенез различный заболевание лёгкий человек | сурфактантный белок d защита лёгкий хозяин |
2b73a28n | Роль эндотелина-1 в заболеваниях легких | Эндотелин-1 (ЭТ-1) — это пептид из 21 аминокислоты с разнообразной биологической активностью, который участвует в развитии многочисленных заболеваний. ЭТ-1 является мощным митогенным регулятором тонуса гладких мышц и медиатором воспаления, который может играть ключевую роль в заболеваниях дыхательных путей, малого круга кровообращения и воспалительных заболеваниях легких, как острых, так и хронических. В этом обзоре основное внимание будет уделено биологии ЭТ-1 и его роли в заболеваниях легких. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC59574/",
"pubmed_id": "11686871"
} | эндотелин 1 эт 1 это пептид 21 аминокислота разнообразный биологический активность участвовать развитие многочисленный заболевание эт 1 являться мощный митогенный регулятор тонус гладкий мышца медиатор воспаление мочь играть ключевой роль заболевание дыхательный путь малое круг кровообращение воспалительный заболевание лёгкий острый хронический это обзор основный внимание уделить биология эт 1 роль заболевание лёгкий | роль эндотелин 1 заболевание лёгкий |
9785vg6d | Экспрессия генов в эпителиальных клетках в ответ на пневмовирусную инфекцию | Респираторно-синцитиальный вирус (РСВ) и вирус пневмонии мышей (ВПМ) — вирусы семейства Paramyxoviridae, подсемейства пневмовирусов, которые вызывают клинически значимые респираторные инфекции у людей и грызунов соответственно. Клетки-мишени респираторного эпителия реагируют на вирусную инфекцию специфическими изменениями в экспрессии генов, включая выработку хемоаттрактантных цитокинов, молекул адгезии, элементов, связанных с реакцией апоптоза, и других, которые остаются не до конца изученными. Здесь мы рассмотрим наше современное понимание этих реакций слизистой оболочки и обсудим несколько геномных подходов, включая дифференциальную обратную транскрипцию-полимеразную цепную реакцию (ПЦР) и стратегии генной матрицы, которые позволят нам раскрыть природу этих реакций более полно и систематически. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC59580/",
"pubmed_id": "11686888"
} | респираторный синцитиальный вирус рсв вирус пневмония мышь впм вирус семейство paramyxoviridae подсемейство пневмовирус вызывать клинически значимый респираторный инфекция человек грызун соответственно клетка мишень респираторный эпителий реагировать вирусный инфекция специфический изменение экспрессия ген включая выработка хемоаттрактантный цитокин молекула адгезия элемент связанный реакция апоптоз оставаться конец изучить рассмотреть наш современный понимание реакция слизистый оболочка обсудить несколько геномный подход включая дифференциальный обратный транскрипция полимеразный цепной реакция пцр стратегия генный матрица позволить раскрыть природа реакция полно систематически | экспрессия ген эпителиальный клетка ответ пневмовирусный инфекция |
zjufx4fo | Требования к последовательности для переноса цепи РНК во время прерывистого субгеномного синтеза РНК нидовируса | Субгеномные мРНК нидовирусов содержат лидерную последовательность, полученную из 5'-конца генома, слитую с различными последовательностями («телами»), полученными из 3'-конца. Их генерация включает уникальный механизм прерывистого синтеза субгеномной РНК, который напоминает рекомбинацию РНК с избирательным копированием. В ходе этого процесса зарождающаяся цепь РНК переносится из одного участка матрицы в другой в ходе синтеза плюс- или минус-цепи, в результате чего образуются субгеномные молекулы РНК. Центральное место в этом процессе занимают последовательности, регулирующие транскрипцию (TRS), которые присутствуют в обоих участках матрицы и обеспечивают точность переноса цепи. В данной работе представлены результаты комплексного исследования ковариационного мутагенеза TRS вируса артериита лошадей, демонстрирующие, что прерывистый синтез РНК зависит не только от спаривания оснований между смысловым лидером TRS и антисмысловым телом TRS, но и от первичной последовательности тела TRS. В то время как лидерный TRS играет лишь роль нацеливания для переноса цепи, телесный TRS выполняет несколько функций. Последовательности соединений лидер-тело мРНК мутантов TRS убедительно свидетельствуют о том, что прерывистый этап происходит во время синтеза минус-цепи. | {
"url": "http://europepmc.org/articles/pmc125340?pdf=render",
"pubmed_id": "11742998"
} | субгеномный мрнк нидовирус содержать лидерновать последовательность получить 5 конец геном слить различный последовательность тело получить 3 конец генерация включать уникальный механизм прерывистый синтез субгеномный рнк напоминать рекомбинация рнк избирательный копирование ход это процесс зарождаться цепь рнк переноситься участок матрица ход синтез плюс минус цепь результат образоваться субгеномный молекула рнк центральный место это процесс занимать последовательность регулировать транскрипция trs присутствовать оба участок матрица обеспечивать точность перенос цепь дать работа представить результат комплексный исследование ковариационный мутагенез trs вирус артериит лошадь демонстрировать прерывистый синтез рнк зависеть спаривание основание смысловой лидер trs антисмысловой тело trs первичный последовательность тело trs время лидерный trs играть лишь роль нацеливание перенос цепь телесный trs выполнять несколько функция последовательность соединение лидер тело мрнк мутант trs убедительно свидетельствовать прерывистый этап происходить время синтез минус цепь | требование последовательность перенос цепь рнк время прерывистый субгеномный синтез рнк нидовирус |
5yhe786e | Дебаты: переливание крови до нормального уровня гемоглобина не улучшит результат | Последние данные свидетельствуют о том, что тяжелобольные пациенты способны переносить более низкие уровни гемоглобина, чем считалось ранее. Наша цель — показать, что переливание крови до уровня 100 г/л не снижает смертность и другие клинически важные результаты в отделениях интенсивной терапии. Хотя остается еще много вопросов, многочисленные лабораторные и клинические исследования, включая недавнее рандомизированное контролируемое исследование (РКИ), установили, что переливание крови до нормальной концентрации гемоглобина не улучшает показатели органной недостаточности и смертности у пациентов в критическом состоянии. Кроме того, стратегия ограничения переливания крови позволит снизить риск аллогенных переливаний, приведет к более эффективному использованию эритроцитов (эритроцитов), экономии крови в целом и снижению расходов на здравоохранение. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC137267/",
"pubmed_id": "11299062"
} | последний дать свидетельствовать тяжелобольной пациент способный переносить низкий уровень гемоглобин считаться ранее наш цель показать переливание кровь уровень 100 г л снижать смертность клинически важный результат отделение интенсивный терапия хотя оставаться ещё вопрос многочисленный лабораторный клинический исследование включая недавний рандомизировать контролировать исследование рки установить переливание кровь нормальный концентрация гемоглобин улучшать показатель органный недостаточность смертность пациент критический состояние кроме стратегия ограничение переливание кровь позволить снизить риск аллогенный переливание привести эффективный использование эритроцит эритроцит экономия кровь целое снижение расход здравоохранение | дебаты переливание кровь нормальный уровень гемоглобин улучшить результат |
8zchiykl | 21-й Международный симпозиум по интенсивной терапии и неотложной медицине, Брюссель, Бельгия, 20-23 марта 2001 г. | Основное внимание на 21-м Международном симпозиуме по интенсивной терапии и неотложной медицине уделялось результатам недавних клинических испытаний при сепсисе и остром респираторном дистресс-синдроме (ОРДС). Другими областями интереса были перспективы экстракорпоральной заместительной терапии печени и неинвазивной вентиляции легких. Внимание также было уделено этическим вопросам. В целом, современные лекции, дебаты «за» и «против», семинары и практические занятия были на высоком уровне. Встреча прошла под знаком возрожденного энтузиазма по поводу позитивного прогресса в области интенсивной терапии. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC137274/",
"pubmed_id": "11353930"
} | основный внимание 21 м международный симпозиум интенсивный терапия неотложный медицина уделяться результат недавний клинический испытание сепсис острый респираторный дистресс синдром ордс область интерес перспектива экстракорпоральный заместительный терапия печень неинвазивный вентиляция лёгкий внимание также уделить этический вопрос целое современный лекция дебаты против семинар практический занятие высокий уровень встреча пройти знак возродить энтузиазм повод позитивный прогресс область интенсивный терапия | 21 й международный симпозиум интенсивный терапия неотложный медицина брюссель бельгия 20 23 март 2001 г |
8qnrcgnk | Гем-оксигеназа-1 и оксид углерода в пульмонологии | Гем-оксигеназа-1 (HO-1), индуцируемый стрессовый белок, обеспечивает цитопротекцию от окислительного стресса in vitro и in vivo. Помимо своей физиологической роли в деградации гема, HO-1 может влиять на ряд клеточных процессов, включая рост, воспаление и апоптоз. Благодаря противовоспалительному эффекту HO-1 ограничивает повреждение тканей в ответ на провоспалительные стимулы и предотвращает отторжение аллотрансплантата после трансплантации. Повышение транскрипции HO-1 происходит в ответ на многие факторы, такие как гипоксия, бактериальный липополисахарид и активные формы кислорода/азота. HO-1 и его конститутивно экспрессируемый изофермент, гемоксигеназа-2, катализируют лимитирующий скорость этап превращения гема в его метаболиты, билирубин IXα, двухвалентное железо и оксид углерода (CO). Механизмы, посредством которых HO-1 обеспечивает защиту, скорее всего, включают продукты его ферментативной реакции. Примечательно, что введение CO в низких концентрациях может заменить HO-1 в отношении противовоспалительного и антиапоптотического действия, что указывает на роль CO как ключевого медиатора функции HO-1. Хроническое, низкоуровневое, экзогенное воздействие CO в результате курения сигарет обусловливает важность CO в пульмонологии. В этом обзоре будет рассмотрено влияние системы HO-1/CO на заболевания легких с акцентом на воспалительные состояния. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC193681/",
"pubmed_id": "12964953"
} | гем оксигеназа 1 ho 1 индуцировать стрессовый белок обеспечивать цитопротекция окислительный стресс in vitro in vivo помимо свой физиологический роль деградация гем ho 1 мочь влиять ряд клеточный процесс включая рост воспаление апоптоз благодаря противовоспалительный эффект ho 1 ограничивать повреждение ткань ответ провоспалительный стимул предотвращать отторжение аллотрансплантат трансплантация повышение транскрипция ho 1 происходить ответ многие фактор гипоксия бактериальный липополисахарид активный форма кислород азот ho 1 конститутивный экспрессировать изофермент гемоксигеназа 2 катализировать лимитировать скорость этап превращение гем метаболит билирубин ixα двухвалентный железо оксид углерод co механизм посредством ho 1 обеспечивать защита скорее весь включать продукт ферментативный реакция примечательно введение co низкий концентрация мочь заменить ho 1 отношение противовоспалительный антиапоптотический действие указывать роль co ключевой медиатор функция ho 1 хронический низкоуровневый экзогенный воздействие co результат курение сигарета обусловливать важность co пульмонология это обзор рассмотреть влияние система ho 1 co заболевание лёгкий акцент воспалительный состояние | гем оксигеназа 1 оксид углерод пульмонология |
jg13scgo | Техническое описание RODS: система наблюдения за общественным здоровьем в режиме реального времени | В отчете описывается разработка и внедрение системы наблюдения за вспышками заболеваний и болезнями в режиме реального времени (RODS), представляющей собой компьютерную систему наблюдения за общественным здравоохранением для раннего выявления вспышек заболеваний. Больницы отправляют данные RODS о клинических приемах по виртуальным частным сетям и выделенным линиям с использованием протокола сообщений Health Level 7 (HL7). Данные передаются в режиме реального времени. Система RODS автоматически классифицирует жалобу главного регистратора, полученную в ходе визита, по одной из семи категорий синдромов с использованием байесовских классификаторов. Он хранит данные в реляционной базе данных, объединяет их для анализа с использованием методов хранилищ данных, применяет к данным одномерные и многомерные статистические алгоритмы обнаружения и оповещает пользователей о случаях, когда алгоритмы выявляют аномальные закономерности в количестве синдромов. RODS также имеет веб-интерфейс пользователя, поддерживающий временной и пространственный анализ. RODS обрабатывает продажи безрецептурных медицинских товаров аналогичным образом, но получает такие данные в пакетном режиме ежедневно. Система RODS использовалась во время зимних Олимпийских игр 2002 года и в настоящее время действует в двух штатах — Пенсильвании и Юте. Он был и продолжает оставаться ресурсом для внедрения, оценки и применения новых методов надзора за общественным здравоохранением. | {
"url": "https://academic.oup.com/jamia/article-pdf/10/5/399/2352016/10-5-399.pdf",
"pubmed_id": "12807803"
} | отчёт описываться разработка внедрение система наблюдение вспышка заболевание болезнь режим реальный время rods представлять компьютерный система наблюдение общественный здравоохранение ранний выявление вспышка заболевание больница отправлять дать rods клинический приём виртуальный частный сеть выделить линия использование протокол сообщение health level 7 hl7 дать передаваться режим реальный время система rods автоматически классифицировать жалоба главное регистратор получить ход визит семь категория синдром использование байесовский классификатор хранить дать реляционный база данные объединять анализ использование метод хранилище данные применять данные одномерный многомерный статистический алгоритм обнаружение оповещать пользователь случай алгоритм выявлять аномальный закономерность количество синдром rods также иметь веб интерфейс пользователь поддерживать временной пространственный анализ rods обрабатывать продажа безрецептурный медицинский товар аналогичный образ получать дать пакетный режим ежедневно система rods использоваться время зимний олимпийский игра 2002 год настоящий время действовать штат пенсильвания ют продолжать оставаться ресурс внедрение оценка применение новый метод надзор общественный здравоохранение | технический описание rods система наблюдение общественный здоровье режим реальный время |
5tkvsudh | Сохранение регуляции полиаминов путем трансляционного сдвига рамки считывания от дрожжей к млекопитающим | Регуляция орнитиндекарбоксилазы у позвоночных включает механизм отрицательной обратной связи, требующий белка-антизима. Здесь мы показываем, что аналогичный механизм существует у делящихся дрожжей Schizosaccharomyces pombe. Экспрессия генов антизимов млекопитающих требует специфического сдвига рамки трансляции +1. Эффективность события сдвига рамки считывания отражает клеточные уровни полиаминов, создающие ауторегуляторный цикл обратной связи. Как показано здесь, ген антизима дрожжей и несколько недавно идентифицированных генов антизима из разных нематод также требуют для своей экспрессии события сдвига рамки считывания в рибосоме. Двенадцать нуклеотидов вокруг сайта сдвига рамки считывания идентичны у S.pombe и его аналогов у млекопитающих. Основной элемент этого сдвига рамки, вероятно, присутствовал у последнего общего предка дрожжей, нематод и млекопитающих. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC302018/",
"pubmed_id": "10775274"
} | регуляция орнитиндекарбоксилаза позвоночный включать механизм отрицательный обратный связь требовать белок антизима показывать аналогичный механизм существовать делиться дрожжи schizosaccharomyces pombe экспрессия ген антизим млекопитающее требовать специфический сдвиг рамка трансляция 1 эффективность событие сдвиг рамка считывание отражать клеточный уровень полиамин создавать ауторегуляторный цикл обратный связь показать ген антизима дрожжи несколько недавно идентифицировать ген антизима разный нематода также требовать свой экспрессия событие сдвиг рамка считывание рибосома двенадцать нуклеотид вокруг сайт сдвиг рамка считывание идентичный s pombe аналог млекопитающее основной элемент это сдвиг рамка вероятно присутствовать последний общий предок дрожжи нематода млекопитающее | сохранение регуляция полиамин путём трансляционный сдвиг рамка считывание дрожжи млекопитающее |
6lvn10f4 | Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин А1 регулирует синтез РНК цитоплазматического вируса | Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин (hnRNP A1) участвует в сплайсинге пре-мРНК в ядре и регуляции трансляции в цитоплазме. В настоящем исследовании мы демонстрируем, что hnRNP A1 также участвует в транскрипции и репликации цитоплазматического РНК-вируса, вируса гепатита мышей (MHV). Сверхэкспрессия hnRNP A1 ускорила кинетику синтеза вирусной РНК, тогда как экспрессия в цитоплазме доминантно-негативного мутанта hnRNP A1, у которого отсутствует домен ядерного транспорта, значительно замедлила его. Мутант hnRNP A1 вызвал глобальное ингибирование транскрипции вирусной мРНК и геномной репликации, а также преимущественное ингибирование репликации дефектных интерферирующих РНК. Подобно дикому типу hnRNP A1, мутант hnRNP A1 образует комплекс с продуктом гена полимеразы MHV, белком нуклеокапсида и вирусной РНК. Однако, в отличие от дикого типа hnRNP A1, мутантный белок не смог связать клеточный белок массой 250 кДа, что позволяет предположить, что привлечение клеточных белков hnRNP A1 важно для синтеза РНК MHV. Наши результаты подтверждают важность клеточных факторов в вирусном РНК-зависимом синтезе РНК. | {
"url": "http://europepmc.org/articles/pmc302072?pdf=render",
"pubmed_id": "10970862"
} | гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин hnrnp a1 участвовать сплайсинг пра мрнк ядро регуляция трансляция цитоплазма настоящий исследование демонстрировать hnrnp a1 также участвовать транскрипция репликация цитоплазматический рнк вирус вирус гепатит мышь mhv сверхэкспрессия hnrnp a1 ускорить кинетика синтез вирусный рнк экспрессия цитоплазма доминантный негативный мутант hnrnp a1 отсутствовать домен ядерный транспорт значительно замедлить мутант hnrnp a1 вызвать глобальный ингибирование транскрипция вирусный мрнк геномный репликация также преимущественный ингибирование репликация дефектный интерферировать рнк подобно дикий тип hnrnp a1 мутант hnrnp a1 образовать комплекс продукт ген полимераза mhv белок нуклеокапсида вирусный рнк однако отличие дикий тип hnrnp a1 мутантный белок смочь связать клеточный белок масса 250 кда позволять предположить привлечение клеточный белок hnrnp a1 важно синтез рнк mhv наш результат подтверждать важность клеточный фактор вирусный рнк зависимый синтез рнк | гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин а1 регулировать синтез рнк цитоплазматический вирус |
tvxpckxo | Метод идентификации белков, взаимодействующих с доменом UBA p62 | Домен UBA представляет собой консервативный мотив последовательности среди полиубиквитин-связывающих белков. Впервые мы демонстрируем систематический, высокопроизводительный подход к идентификации белков, взаимодействующих с доменом UBA, с точки зрения всего протеома. Используя систему клонирования экспрессии in vitro лизата ретикулоцитов кролика, мы успешно идентифицировали одиннадцать белков, которые взаимодействуют с доменом UBA p62, и большинство из одиннадцати белков связаны с нейродегенеративными заболеваниями, такими как болезнь Альцгеймера. Таким образом, p62 может играть новую регуляторную роль через свой домен UBA. Наш подход обеспечивает простой путь к характеристике белков, взаимодействующих с доменом UBA, и его применение раскроет важные роли, которые играет домен UBA. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC302190/",
"pubmed_id": "14702098"
} | домен uba представлять консервативный мотив последовательность среди полиубиквитин связывать белок впервые демонстрировать систематический высокопроизводительный подход идентификация белок взаимодействовать домен uba точка зрение весь протеома использовать система клонирование экспрессия in vitro лизат ретикулоцит кролик успешно идентифицировать одиннадцать белок взаимодействовать домен uba p62 большинство одиннадцать белок связать нейродегенеративный заболевание болезнь альцгеймер образ p62 мочь играть новый регуляторный роль свой домен uba наш подход обеспечивать простой путь характеристика белок взаимодействовать домен uba применение раскрыть важный роль играть домен uba | метод идентификация белок взаимодействовать домен uba p62 |
mcuixluu | Инфекция вируса коровьей оспы нарушает организацию микротрубочек и функцию центросомы | Мы изучили роль микротрубочкового цитоскелета при инфицировании вирусом осповакцины. Мы обнаружили, что вновь собранные вирусные частицы накапливаются вблизи центра организации микротрубочек в зависимости от микротрубочек и комплекса динеин-динактин. Микротрубочки необходимы для эффективного формирования внутриклеточного зрелого вируса (IMV) и имеют решающее значение для сборки внутриклеточного оболочечного вируса (IEV). По мере развития инфекции микротрубочковый цитоскелет резко реорганизуется, что напоминает сверхэкспрессию белков, ассоциированных с микротрубочками (MAP). В соответствии с этим мы сообщаем, что белки коровьей оспы A10L и L4R обладают MAP-подобными свойствами и опосредуют прямое связывание вирусных ядер с микротрубочками in vitro. Кроме того, заражение коровьей оспой также приводит к значительному снижению количества белков в центросоме и потере эффективности зарождения центросомных микротрубочек. Это первый пример нарушения функции центросомы под воздействием вируса. Дальнейшие исследования вакцинии позволят лучше понять роль микротрубочек в патогенезе вируса и регуляции функции центросомы. | {
"url": "http://europepmc.org/articles/pmc306617?pdf=render",
"pubmed_id": "10921875"
} | изучить роль микротрубочковый цитоскелет инфицирование вирус осповакцина обнаружить вновь собранный вирусный частица накапливаться вблизи центр организация микротрубочка зависимость микротрубочка комплекс динеин динактин микротрубочка необходимый эффективный формирование внутриклеточный зрелый вирус imv иметь решающий значение сборка внутриклеточный оболочечный вирус iev мера развитие инфекция микротрубочковый цитоскелет резко реорганизоваться напоминать сверхэкспрессия белок ассоциированный микротрубочка map соответствие это сообщать белка коровий оспа a10l l4r обладать map подобный свойство опосредовать прямой связывание вирусный ядро микротрубочка in vitro кроме заражение коровий оспа также приводить значительный снижение количество белок центросома потеря эффективность зарождение центросомный микротрубочка это первый пример нарушение функция центросома воздействие вирус дальнейший исследование вакцинии позволить хороший понять роль микротрубочка патогенез вирус регуляция функция центросома | инфекция вирус коровий оспа нарушать организация микротрубочка функция центросома |
6iu1dtyl | Место возникновения пандемии гриппа 1918 года и ее последствия для общественного здравоохранения | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC340389/",
"pubmed_id": "14733617"
} | место возникновение пандемия грипп 1918 год последствие общественный здравоохранение |
||
t35n7bk9 | Многогранный, многофункциональный микрочип: одновременное обнаружение множества вирусов и профилей их экспрессии | Существуют сотни вирусов, которые поражают различные органы человека и вызывают заболевания. Некоторые смертельные новые вирусные инфекции стали серьезными проблемами общественного здравоохранения во всем мире. Поэтому ранняя диагностика и последующее лечение имеют решающее значение для борьбы с вирусными инфекциями. Современные методы диагностики часто используют методы, основанные на полимеразной цепной реакции (ПЦР), для быстрого обнаружения патогенных вирусов и установления этиологии заболевания или патологии. Однако метод быстрой ПЦР имеет много недостатков, таких как высокий уровень ложноположительных результатов и способность обнаруживать только один или несколько генов-мишеней одновременно. Технология микрочипов решает проблемы ограничений ПЦР и может эффективно применяться во всех областях молекулярной медицины. Недавно в отчете журнала Retrovirology был описан мультивирусный ДНК-массив, содержащий более 250 открытых рамок считывания восьми человеческих вирусов, включая вирус иммунодефицита человека типа 1. Этот массив можно использовать для обнаружения множественных вирусных коинфекций в клетках и in vivo. Еще одним преимуществом такого типа мультивирусного массива является возможность изучения активности промотора и экспрессии вирусных генов, а также корреляции таких показаний с прогрессированием заболевания и реактивацией латентных инфекций. Таким образом, разработка вирусного ДНК-чипа, описанная в журнале Retrovirology, является важным достижением в диагностическом применении, которое может стать мощным клиническим инструментом для характеристики вирусных коинфекций у больных СПИДом, а также у других пациентов. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC420498/",
"pubmed_id": "15169556"
} | существовать сотня вирус поражать различный орган человек вызывать заболевание некоторый смертельный новый вирусный инфекция стать серьёзный проблема общественный здравоохранение весь мир поэтому ранний диагностика последующий лечение иметь решающий значение борьба вирусный инфекция современный метод диагностика часто использовать метод основать полимеразный цепной реакция пцр быстрый обнаружение патогенный вирус установление этиология заболевание патология однако метод быстрый пцр иметь недостаток высокий уровень ложноположительный результат способность обнаруживать несколько ген мишень одновременно технология микрочип решать проблема ограничение пцр мочь эффективно применяться весь область молекулярный медицина недавно отчёт журнал retrovirology описать мультивирусный днк массив содержать 250 открытый рамка считывание восемь человеческий вирус включая вирус иммунодефицит человек тип 1 массив использовать обнаружение множественный вирусный коинфекция клетка in vivo ещё преимущество тип мультивирусный массив являться возможность изучение активность промотор экспрессия вирусный ген также корреляция показание прогрессирование заболевание реактивация латентный инфекция образ разработка вирусный днк чип описать журнал retrovirology являться важный достижение диагностический применение мочь стать мощный клинический инструмент характеристика вирусный коинфекция больной спид также пациент | многогранный многофункциональный микрочип одновременный обнаружение множество вирус профиль экспрессия |
eiqypt0m | Вирус простого герпеса 1-го типа и нормальная проницаемость белков в легких у пациентов в критическом состоянии: аргумент в пользу низкой патогенности? | ВВЕДЕНИЕ: Патогенность поздних респираторных инфекций, вызванных вирусом простого герпеса 1-го типа (ВПГ-1), у тяжелобольных неясна. МЕТОДЫ: У четырех пациентов в критическом состоянии с персистирующими легочными инфильтратами неизвестного происхождения и выделением вируса простого герпеса 1 типа из трахеального аспирата или бронхоальвеолярного лаважа через 7 (1–11) дней после начала искусственной вентиляции легких измерялся индекс легочной утечки (ИЛУ) для (67)галлия ((67)Ga)-трансферрина (верхняя граница нормы 14,1 × 10(-3)/мин). РЕЗУЛЬТАТЫ: У пациентов, принявших участие в исследовании, показатель PLI составил от 7,5 до 14,0 × 10(-3)/мин. Двое пациентов прошли курс лечения ацикловиром, и все выжили. ВЫВОДЫ: Нормальная проницаемость капилляров, наблюдаемая в легких, свидетельствует против патогенности ВПГ-1 у тяжелобольных и свидетельствует в пользу того, что выделение вируса отражает реактивацию в ходе тяжелого заболевания и иммунодепрессии, а не первичную или присоединившуюся инфекцию в легких. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC468896/",
"pubmed_id": "15153242"
} | введение патогенность поздний респираторный инфекция вызвать вирус простой герпес 1 го тип впг 1 тяжелобольной неясный метод четыре пациент критический состояние персистируть лёгочный инфильтрат неизвестный происхождение выделение вирус простой герпес 1 тип трахеальный аспирата бронхоальвеолярный лаважа 7 1 11 день начало искусственный вентиляция лёгкий измеряться индекс лёгочный утечка ил 67 галлия 67 ga трансферрина верхний граница норма 14 1 10 3 мина результат пациент принять участие исследование показатель pli составить 7 5 14 0 10 3 мина двое пациент пройти курс лечение ацикловир всё выжить вывод нормальный проницаемость капилляр наблюдать лёгкий свидетельствовать против патогенность впг 1 тяжелобольной свидетельствовать польза выделение вирус отражать реактивация ход тяжёлый заболевание иммунодепрессия первичный присоединиться инфекция лёгкий | вирус простой герпес 1 го тип нормальный проницаемость белок лёгкий пациент критический состояние аргумент польза низкий патогенность |
sgmk96vr | Логистика контроля заболеваемости оспой в обществе посредством отслеживания контактов и кольцевой вакцинации: стохастическая сетевая модель | ПРЕДЫСТОРИЯ: Предыдущие модели кольцевой вакцинации против оспы, основанные на отслеживании контактов по сети, предполагали, что кольцевая вакцинация будет эффективной, но в них явно не учитывалась логистика реагирования и ограниченное количество вакцинаторов. МЕТОДЫ: Мы разработали непрерывную во времени стохастическую симуляцию передачи оспы, включая сетевую структуру, вакцинацию после контакта, вакцинацию контактов контактов, ограниченную способность реагирования, неоднородность симптомов и заразности, вакцинацию до прекращения плановой вакцинации, более быструю диагностику благодаря осведомленности населения, наблюдение за бессимптомными контактами и изоляцию случаев. РЕЗУЛЬТАТЫ: Мы обнаружили, что даже в случаях очень быстрого распространения оспы кольцевая вакцинация (в сочетании с надзором) в большинстве случаев достаточна для быстрой ликвидации оспы, при условии, что отслежено 95% бытовых контактов, отслежено 80% рабочих или социальных контактов и не отслежено ни одного случайного контакта, и что в большинстве случаев достаточно возможности отслеживать 1–5 человек в день на каждый индексный случай. Если предположить, что оспа передается очень быстро при контакте с больными, то иногда ее можно будет избежать с помощью кольцевой вакцинации, но в таких обстоятельствах ее можно будет контролировать с помощью массовой вакцинации. ВЫВОДЫ: Небольшие вспышки оспы, вероятно, можно легко сдержать с помощью кольцевой вакцинации, при условии возможности отслеживания контактов. Неопределенность в природе оспы, переносимой биотеррористами (заразность, эффективность вакцины), обусловливает необходимость дальнейшего планирования кольцевой вакцинации, а также массовой вакцинации. В случае начала кольцевой вакцинации ее следует проводить без задержек, включать контакты контактов (при наличии достаточных возможностей) и сопровождать повышением осведомленности населения и надзора. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC520756/",
"pubmed_id": "15298713"
} | предыстория предыдущий модель кольцевой вакцинация против оспа основать отслеживание контакт сеть предполагать кольцевой вакцинация эффективный явно учитываться логистика реагирование ограниченный количество вакцинатор метод разработать непрерывный время стохастический симуляция передача оспа включая сетевой структура вакцинация контакт вакцинация контакт контакт ограниченный способность реагирование неоднородность симптом заразность вакцинация прекращение плановый вакцинация быстрый диагностик благодаря осведомлённость население наблюдение бессимптомный контакт изоляция случай результат обнаружить случай очень быстрый распространение оспа кольцевой вакцинация сочетание надзор большинство случай достаточный быстрый ликвидация оспа условие отследить 95 бытовой контакт отследить 80 рабочий социальный контакт отследить случайный контакт большинство случай достаточно возможность отслеживать 1 5 человек день каждый индексный случай предположить оспа передаваться очень быстро контакт больной избежать помощь кольцевой вакцинация обстоятельство контролировать помощь массовый вакцинация вывод небольшой вспышка оспа вероятно легко сдержать помощь кольцевой вакцинация условие возможность отслеживание контакт неопределённость природа оспа переносить биотеррорист заразность эффективность вакцина обусловливать необходимость дальнейший планирование кольцевой вакцинация также массовый вакцинация случай начало кольцевой вакцинация следовать проводить задержка включать контакт контакт наличие достаточный возможность сопровождать повышение осведомлённость население надзор | логистика контроль заболеваемость оспа общество посредством отслеживание контакт кольцевой вакцинация стохастический сетевой модель |
di0fcy0j | Защита клеток легочного эпителия от окислительного стресса с помощью аденингликозилазы hMYH | ПРЕДЫСТОРИЯ: Кислородная интоксикация является основной причиной повреждения легких. Путь эксцизионной репарации оснований является одним из важнейших механизмов клеточной защиты, который реагирует на окислительное повреждение ДНК. Ферменты репарации ДНК, специфичные для повреждений, включают hOgg1, hMYH, hNTH и hMTH. МЕТОДЫ: Вышеуказанные ферменты репарации ДНК, специфичные для повреждений, были экспрессированы в клетках альвеолярного эпителия человека (A549) с использованием ретровирусного вектора pSF91.1. Клетки подвергались воздействию 95%-ной кислородной среды, ионизирующего излучения (ИК) или H(2)O(2). Анализ роста клеток проводился в нетоксичных условиях. Для подтверждения сверхэкспрессии и оценки эндогенной экспрессии в токсичных и нетоксичных условиях был проведен анализ методом вестерн-блоттинга. Статистический анализ проводился с использованием парного t-критерия Стьюдента, при этом значимость принималась при p < 0,05. РЕЗУЛЬТАТЫ: Анализы гибели клеток показали, что клетки, сверхэкспрессирующие hMYH, демонстрируют лучшую выживаемость как при повышенном содержании кислорода, так и при ИР. Анализ роста клеток A549 в нетоксичных условиях показал, что клетки, сверхэкспрессирующие hMYH, также растут медленнее. Анализ вестерн-блоттинга продемонстрировал повышенную экспрессию каждого отдельного гена и не привел к изменению эндогенной экспрессии других. Однако было отмечено, что токсичность O(2) привела к снижению эндогенной экспрессии hNTH в клетках A549. ЗАКЛЮЧЕНИЕ: Повышенная экспрессия фермента репарации ДНК-гликозилазы hMYH в клетках A549, подвергнутых воздействию O(2) и IR, приводит к улучшению выживаемости клеток. Восстановление ДНК посредством пути эксцизионной репарации оснований может стать альтернативным способом компенсации повреждающего воздействия O(2) и его метаболитов. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC521691/",
"pubmed_id": "15450125"
} | предыстория кислородный интоксикация являться основной причина повреждение лёгкий путь эксцизионный репарация основание являться важный механизм клеточный защита реагировать окислительный повреждение днк фермент репарация днк специфичный повреждение включать hogg1 hmyh hnth hmth метод вышеуказанный фермент репарация днк специфичный повреждение экспрессировать клетка альвеолярный эпителий человек a549 использование ретровирусный вектор psf91 1 клетка подвергаться воздействие 95 ной кислородный среда ионизировать излучение ик h 2 o 2 анализ рост клетка проводиться нетоксичный условие подтверждение сверхэкспрессия оценка эндогенный экспрессия токсичный нетоксичный условие провести анализ метод вестерн блоттинг статистический анализ проводиться использование парный t критерий стьюдента это значимость приниматься p 0 05 результат анализ гибель клетка показать клетка сверхэкспрессировать hmyh демонстрировать хороший выживаемость повышенный содержание кислород ир анализ рост клетка a549 нетоксичный условие показать клетка сверхэкспрессировать hmyh также расти медленный анализ вестерн блоттинг продемонстрировать повышенный экспрессия каждый отдельный ген привести изменение эндогенный экспрессия однако отметить токсичность o 2 привести снижение эндогенный экспрессия hnth клетка a549 заключение повышенный экспрессия фермент репарация днк гликозилаза hmyh клетка a549 подвергнуть воздействие o 2 ir приводить улучшение выживаемость клетка восстановление днк посредством путь эксцизионный репарация основание мочь стать альтернативный способ компенсация повреждать воздействие o 2 метаболит | защита клетка лёгочный эпителий окислительный стресс помощь аденингликозилаза hmyh |
4k8f7ou1 | Биоинформатическое картирование доменов гомологии AlkB в вирусах | ПРЕДЫСТОРИЯ: Белки, подобные AlkB, являются членами суперсемейства 2-оксоглутарат- и Fe(II)-зависимых оксигеназ. В Escherichia coli этот белок защищает РНК и ДНК от повреждения метилирующими агентами. 1-метиладенин и 3-метилцитозин восстанавливаются путем окислительного деметилирования и прямого возврата метилированного основания обратно в его неметилированную форму. Гены гомологов AlkB широко распространены в природе, и эукариоты часто имеют несколько генов, кодирующих белки, подобные AlkB. Аналогичные домены были обнаружены также у некоторых вирусов растений. Функция вирусного домена неизвестна, но предполагается, что он может участвовать в защите вируса от системы посттранскрипционного подавления генов (PTGS), обнаруженной в растениях. Мы хотели провести филогеномное картирование вирусных доменов, подобных AlkB, в качестве основы для анализа функциональных аспектов этих доменов, поскольку это могло бы иметь некоторое значение для понимания возможных альтернативных ролей гомологов AlkB, например: у эукариот. РЕЗУЛЬТАТЫ: Поиски на основе профилей в библиотеках последовательностей белков показали, что домены, подобные AlkB, обнаружены по крайней мере в 22 различных одноцепочечных РНК-положительных вирусах растений, но в основном в подгруппе семейства Flexiviridae. Анализ последовательности показал, что домены AlkB, вероятно, функционально консервативны и что они, скорее всего, были сравнительно недавно интегрированы в несколько вирусных геномов в географически разных местах. Эта закономерность, по-видимому, более соответствует возросшему давлению на окружающую среду, например: от метилирующих пестицидов, чем при взаимодействии с системой PTGS. ВЫВОДЫ: Домен AlkB, обнаруженный в вирусных геномах, скорее всего, является обычным доменом репарации ДНК/РНК, который защищает вирусный РНК-геном от метилирующих соединений из окружающей среды. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC544882/",
"pubmed_id": "15627404"
} | предыстория белка подобный alkb являться член суперсемейство 2 оксоглутарат fe ii зависимый оксигеназа escherichia coli белок защищать рнк днк повреждение метилируть агент 1 метиладенин 3 метилцитозин восстанавливаться путём окислительный деметилирование прямой возврат метилированный основание обратно неметилировать форма ген гомолог alkb широко распространить природа эукариот часто иметь несколько ген кодировать белка подобный alkb аналогичный домен обнаружить также некоторый вирус растение функция вирусный домен неизвестный предполагаться мочь участвовать защита вирус система посттранскрипционный подавление ген ptgs обнаружить растение хотеть провести филогеномный картирование вирусный домен подобный alkb качество основа анализ функциональный аспект домен поскольку это мочь иметь некоторый значение понимание возможный альтернативный роль гомолог alkb например эукариот результат поиск основа профиль библиотека последовательность белок показать домен подобный alkb обнаружить крайний мера 22 различный одноцепочечный рнк положительный вирус растение основное подгруппа семейство flexiviridae анализ последовательность показать домен alkb вероятно функционально консервативный скорее весь сравнительно недавно интегрировать несколько вирусный геном географически разный место закономерность видимый соответствовать возрасти давление окружающий среда например метилировать пестицид взаимодействие система ptgs вывод домен alkb обнаружить вирусный геном скорее весь являться обычный домен репарация днк рнк защищать вирусный рнк геном метилировать соединение окружающий среда | биоинформатический картирование домен гомология alkb вирус |
wnnsmx60 | Борьба с новыми инфекционными заболеваниями: является ли федеральная система препятствием для эффективных законов? | В 1980-х и 1990-х годах ВИЧ/СПИД был новым инфекционным заболеванием. В 2003–2004 годах мы стали свидетелями появления атипичной пневмонии, птичьего гриппа и сибирской язвы в искусственно созданной форме, которая использовалась для биотерроризма. Законодательство о чрезвычайных полномочиях в Австралии представляет собой смесь карантинных законов Содружества и чрезвычайных полномочий штатов и территорий в законодательстве об общественном здравоохранении. Настало время пересмотреть такое законодательство и рассмотреть его эффективность с точки зрения всей страны в эпоху, когда нам приходится учитывать возможность массовых вспышек инфекционных заболеваний, которые игнорируют границы юрисдикций. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC544965/",
"pubmed_id": "15679928"
} | 1980 х 1990 х год вич спид новый инфекционный заболевание 2003 2004 год стать свидетель появление атипичный пневмония птичий грипп сибирский язва искусственно создать форма использоваться биотерроризм законодательство чрезвычайный полномочие австралия представлять смесь карантинный закон содружество чрезвычайный полномочие штат территория законодательство общественный здравоохранение настать время пересмотреть законодательство рассмотреть эффективность точка зрение весь страна эпоха приходиться учитывать возможность массовый вспышка инфекционный заболевание игнорировать граница юрисдикция | борьба новый инфекционный заболевание являться федеральный система препятствие эффективный закон |
gdsfkw1b | Секреция белка в Lactococcus lactis: эффективный способ увеличения общей продукции гетерологичного белка | Lactococcus lactis, модельная молочнокислая бактерия (МКБ), является пищевой и хорошо изученной грамположительной бактерией. Это хороший кандидат для доставки гетерологичного белка в пищевые продукты или в пищеварительный тракт. Л. lactis также может использоваться в качестве производителя белка в ферментере. Многие гетерологичные белки уже были получены в L. lactis, но только несколько отчетов позволяют сравнивать выходы продукции для данного белка, либо продуцируемого внутриклеточно, либо секретируемого в среду. Здесь мы рассмотрим несколько работ, оценивающих влияние локализации на выход продукции нескольких гетерологичных белков, продуцируемых в L. лактис. Вопросы ограничений по размеру, конформации и протеолиза рассматриваются и обсуждаются с учетом выхода белка. Эти данные показывают, что i) секреция предпочтительнее цитоплазматической продукции; ii) усиление секреции (путем оптимизации сигнального пептида и пропептида) приводит к увеличению выхода продукции; iii) конформация белка, а не его размер, может ухудшить секрецию и, таким образом, изменить выход продукции; и iv) слияние стабильного белка может стабилизировать лабильные белки. Обсуждается роль внутриклеточного протеолиза гетерологичных цитоплазматических белков и предшественников. Теперь новыми задачами являются разработка систем пищевого качества, а также идентификация и оптимизация факторов хозяина, влияющих на выработку гетерологичного белка не только в L. lactis, но и у других видов молочнокислых бактерий. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC545053/",
"pubmed_id": "15631634"
} | lactococcus lactis модельный молочнокислый бактерия мкб являться пищевой изучить грамположительный бактерия это хороший кандидат доставка гетерологичный белок пищевой продукт пищеварительный тракт л lactis также мочь использоваться качество производитель белок ферментёр многие гетерологичный белка получить l lactis несколько отчёт позволять сравнивать выход продукция данный белок либо продуцировать внутриклеточный либо секретировать среда рассмотреть несколько работа оценивать влияние локализация выход продукция несколько гетерологичный белок продуцировать l лактис вопрос ограничение размер конформация протеолиз рассматриваться обсуждаться учёт выход белок дать показывать i секреция предпочтительный цитоплазматический продукция ii усиление секреция путём оптимизация сигнальный пептид пропептид приводить увеличение выход продукция iii конформация белок размер мочь ухудшить секреция образ изменить выход продукция iv слияние стабильный белок мочь стабилизировать лабильный белка обсуждаться роль внутриклеточный протеолиз гетерологичный цитоплазматический белок предшественник новый задача являться разработка система пищевой качество также идентификация оптимизация фактор хозяин влиять выработка гетерологичный белок l lactis вид молочнокислый бактерия | секреция белок lactococcus lactis эффективный способ увеличение общий продукция гетерологичный белок |
yba7mdtb | Обнаружение и характеристика горизонтальных переносов у прокариот с использованием геномной сигнатуры | Горизонтальный перенос ДНК является важным фактором эволюции и участвует в биологическом разнообразии. К сожалению, местоположение и протяженность горизонтальных переносов (ГП) известны лишь для немногих видов. Было показано, что использование коротких олигонуклеотидов в последовательности (так называемая геномная сигнатура) является видоспецифичным даже для фрагментов ДНК длиной всего 1 кб. Поэтому геномная сигнатура предлагается в качестве инструмента для обнаружения ГТ. Поскольку перенос ДНК происходит от видов, сигнатура которых отличается от сигнатуры вида-реципиента, анализ локальных вариаций сигнатуры вдоль генома реципиента может позволить обнаружить экзогенную ДНК. Стратегия заключается в (i) сканировании генома с помощью скользящего окна и вычислении соответствующей локальной сигнатуры, (ii) оценке ее отклонения от сигнатуры всего генома и (iii) поиске похожих сигнатур в базе данных геномных сигнатур. Всего таким образом проанализировано 22 генома прокариот. Было отмечено, что в среднем нетипичные регионы составляют около 6% каждого генома. Обнаружено большинство заявленных ГТ, а также новых. Происхождение предполагаемых переносов ДНК изучается среди примерно 12 000 видов. Предлагаются и иногда настоятельно рекомендуются виды-доноры, учитывая сходство сигнатур. Среди изученных видов Bacillus subtilis, Haemophilus Influenzae и Escherichia coli изучаются многими авторами и дают возможность провести тщательное сравнение большинства методов биоинформатики, используемых для обнаружения ГТ. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC546175/",
"pubmed_id": "15653627"
} | горизонтальный перенос днк являться важный фактор эволюция участвовать биологический разнообразие сожаление местоположение протяжённость горизонтальный перенос гп известный лишь немногий вид показать использование короткий олигонуклеотид последовательность называть геномный сигнатура являться видоспецифичный фрагмент днк длина весь 1 кб поэтому геномный сигнатура предлагаться качество инструмент обнаружение гт поскольку перенос днк происходить вид сигнатура отличаться сигнатура вид реципиент анализ локальный вариация сигнатура вдоль геном реципиент мочь позволить обнаружить экзогенный днк стратегия заключаться i сканирование геном помощь скользящий окно вычисление соответствовать локальный сигнатура ii оценка отклонение сигнатура весь геном iii поиск похожий сигнатура база данные геномный сигнатура весь образ проанализировать 22 геном прокариот отметить среднее нетипичный регион составлять около 6 каждый геном обнаружить большинство заявить гт также новый происхождение предполагать перенос днк изучаться среди примерно 12 000 вид предлагаться настоятельно рекомендоваться вид донор учитывать сходство сигнатура среди изучить вид bacillus subtilis haemophilus influenzae escherichia coli изучаться многий автор давать возможность провести тщательный сравнение большинство метод биоинформатика использовать обнаружение гт | обнаружение характеристика горизонтальный перенос прокариот использование геномный сигнатура |
bbvxu8op | Сравнение зондов замены, вставки и удаления для повторного секвенирования и мутационного анализа с использованием олигонуклеотидных микрочипов | Хотя олигонуклеотидные зонды, комплементарные заменам отдельных нуклеотидов, обычно используются в скрининге генетической изменчивости на основе микрочипов, мало что известно о гибридизационных свойствах зондов, комплементарных небольшим вставкам и делециям. Необходимо определить гибридизационные свойства этих последних зондов, чтобы улучшить специфичность и чувствительность мутационного анализа генов, связанных с заболеваниями, на основе олигонуклеотидных микрочипов. В данной работе мы сравниваем и сопоставляем гибридизационные свойства олигонуклеотидных микрочипов, состоящих из 25-мерных зондов, комплементарных всем возможным заменам и вставкам отдельных нуклеотидов, а также делециям одного и двух оснований в кодирующей области гена ATM (мутантный при атаксии-телеангиэктазии) длиной 9168 п.н. К этим микрочипам были применены более 68 различных меченых красителем одноцепочечных нуклеиновых кислот-мишеней, представляющих все кодирующие экзоны ATM. Мы оцениваем специфичность гибридизации, сравнивая относительные сигналы гибридизации от зондов, идеально соответствующих последовательностям ATM, с теми, которые содержат несоответствия. Зонды, комплементарные двухосновным заменам, продемонстрировали самую высокую среднюю специфичность, за ними следуют зонды, комплементарные одноосновным заменам, одноосновным делециям и одноосновным вставкам. Во всех случаях на специфичность гибридизации сильно влияли контекст последовательности и возможная внутри- и межмолекулярная структура зонда и/или мишени. Более того, зонды с заменой одного нуклеотида продемонстрировали наиболее последовательные данные специфичности гибридизации, за которыми следуют зонды с делециями одного основания, зонды с делециями двух оснований и зонды с вставками одного нуклеотида. В целом, эти исследования предоставляют ценные эмпирические данные, которые можно использовать для более точного моделирования свойств гибридизации зондов вставки и делеции, а также для улучшения дизайна и интерпретации ресеквенирования и мутационного анализа на основе микрочипов олигонуклеотидов. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC549431/",
"pubmed_id": "15722479"
} | хотя олигонуклеотидный зонд комплементарный замена отдельный нуклеотид обычно использоваться скрининг генетический изменчивость основа микрочип мало известно гибридизационный свойство зонд комплементарный небольшой вставка делеция необходимо определить гибридизационный свойство последний зонд улучшить специфичность чувствительность мутационный анализ ген связанный заболевание основа олигонуклеотидный микрочип дать работа сравнивать сопоставлять гибридизационный свойство олигонуклеотидный микрочип состоять 25 мерный зонд комплементарный весь возможный замена вставка отдельный нуклеотид также делеция основание кодировать область ген atm мутантный атаксия телеангиэктазия длина 9168 п н это микрочип применить 68 различный меченый краситель одноцепочечный нуклеиновый кислота мишень представлять всё кодировать экзон atm оценивать специфичность гибридизация сравнивать относительный сигнал гибридизация зонд идеально соответствующий последовательность atm содержать несоответствие зонд комплементарный двухосновный замена продемонстрировать самый высокий средний специфичность следовать зонд комплементарный одноосновный замена одноосновный делеция одноосновный вставка весь случай специфичность гибридизация сильно влиять контекст последовательность возможный внутри межмолекулярный структура зонд мишень зонд замена нуклеотид продемонстрировать наиболее последовательный дать специфичность гибридизация следовать зонд делеция основание зонд делеция основание зонд вставка нуклеотид целое исследование предоставлять ценный эмпирический дать использовать точный моделирование свойство гибридизация зонд вставка делеция также улучшение дизайн интерпретация ресеквенирование мутационный анализ основа микрочип олигонуклеотид | сравнение зонд замена вставка удаление повторный секвенирование мутационный анализ использование олигонуклеотидный микрочип |
e62cfqt7 | Ген, кодирующий специфичную для сиаловой кислоты 9-O-ацетилэстеразу, обнаружен в яичках взрослого человека | Используя дифференциальную дисплейную ОТ-ПЦР, мы идентифицировали ген размером 2750 п.н. из яичек взрослого человека, названный H-Lse, который кодирует предполагаемый белок из 523 аминокислот и молекулярной массой 58 кДа со структурными характеристиками, аналогичными характеристиками специфической для сиаловой кислоты лизосом мыши 9-O-ацетилэстеразы. Анализ методом нозерн-блоттинга показал широкое распространение H-Lse в различных тканях человека с высокой экспрессией в яичках, предстательной железе и толстой кишке. Результаты гибридизации in situ показали, что, хотя H-Lse не был обнаружен в эмбриональных яичках, положительные сигналы были обнаружены в сперматоцитах, но не в сперматогониях во взрослых яичках человека. Субклеточная локализация H-Lse была визуализирована с помощью зеленого флуоресцентного белка (GFP), слитого с аминоконцом H-Lse, что показало компартментализацию H-Lse в крупных плотных везикулах, предположительно лизосомах, в цитоплазме. Регулируемая развитием и специфичная для сперматогенной стадии экспрессия H-Lse предполагает его возможное участие в развитии яичек и/или дифференцировке половых клеток. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC551583/",
"pubmed_id": "15292578"
} | использовать дифференциальный дисплейный пцр идентифицировать ген размер 2750 п н яичко взрослый человек назвать h lse кодировать предполагать белок 523 аминокислота молекулярный масса 58 кда структурный характеристика аналогичный характеристика специфический сиаловой кислота лизосома мышь 9 o ацетилэстераза анализ метод нозерна блоттинг показать широкий распространение h lse различный ткань человек высокий экспрессия яичко предстательный железа толстой кишка результат гибридизация in situ показать хотя h lse обнаружить эмбриональный яичко положительный сигнал обнаружить сперматоцит сперматогония взрослый яичко человек субклеточный локализация h lse визуализировать помощь зелёный флуоресцентный белок gfp слить аминоконец h lse показать компартментализация h lse крупный плотный везикула предположительно лизосома цитоплазма регулировать развитие специфичный сперматогенный стадия экспрессия h lse предполагать возможный участие развитие яичко дифференцировка половой клетка | ген кодировать специфичный сиаловой кислота 9 o ацетилэстераза обнаружить яичко взрослый человек |
4cvy9u28 | Роль тучных клеток в патогенезе боли при хроническом панкреатите | ПРЕДЫСТОРИЯ: Биологическая основа боли при хроническом панкреатите изучена недостаточно. Тучные клетки участвуют в патогенезе боли при других заболеваниях. Мы предположили, что тучные клетки играют роль в возникновении боли при хроническом панкреатите. Мы изучили связь боли с тучными клетками в образцах аутопсии пациентов с болезненным хроническим панкреатитом. Мы дополнительно изучили нашу гипотезу, используя экспериментальную модель хронического панкреатита, вызванного тринитробензолсульфоновой кислотой (TNBS), как у мышей дикого типа (WT), так и у мышей с дефицитом тучных клеток (MCDM). МЕТОДЫ: Были идентифицированы архивные ткани с гистологическим диагнозом хронического панкреатита и изучены клинические записи на предмет наличия или отсутствия зарегистрированных болей у людей. Подсчитывали количество тучных клеток. Наличие боли оценивалось с помощью нитей фон Фрея (VFF) для измерения реакции отдергивания брюшной полости у мышей WT и MCDM с хроническим панкреатитом и без него. РЕЗУЛЬТАТЫ: У людей с болезненным хроническим панкреатитом наблюдалось в 3,5 раза больше тучных клеток поджелудочной железы по сравнению с людьми с безболезненным хроническим панкреатитом. Мыши дикого типа с хроническим панкреатитом были значительно более чувствительны, что было оценено с помощью болевого теста живота VFF, по сравнению с мышами MCDM. ВЫВОД: У людей с болезненным хроническим панкреатитом наблюдается повышенное количество тучных клеток поджелудочной железы по сравнению с людьми с безболезненным хроническим панкреатитом. MCDM менее чувствительны к механической стимуляции живота после индукции хронического панкреатита по сравнению с WT. Тучные клетки могут играть важную роль в патогенезе боли при хроническом панкреатите. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC554992/",
"pubmed_id": "15745445"
} | предыстория биологический основа боль хронический панкреатит изучить недостаточно тучный клетка участвовать патогенез боль заболевание предположить тучный клетка играть роль возникновение боль хронический панкреатит изучить связь боль тучный клетка образец аутопсия пациент болезненный хронический панкреатит дополнительно изучить наш гипотеза использовать экспериментальный модель хронический панкреатит вызвать тринитробензолсульфонов кислота tnbs мышь дикий тип wt мышь дефицит тучный клетка mcdm метод идентифицировать архивный ткань гистологический диагноз хронический панкреатит изучить клинический запись предмет наличие отсутствие зарегистрировать боль человек подсчитывать количество тучный клетка наличие боль оцениваться помощь нить фон фрей vff измерение реакция отдёргивание брюшной полость мышь wt mcdm хронический панкреатит результат человек болезненный хронический панкреатит наблюдаться 3 5 большой тучный клетка поджелудочный железа сравнение человек безболезненный хронический панкреатит мышь дикий тип хронический панкреатит значительно чувствительный оценить помощь болевой тест живот vff сравнение мышь mcdm вывод человек болезненный хронический панкреатит наблюдаться повышенный количество тучный клетка поджелудочный железа сравнение человек безболезненный хронический панкреатит mcdm менее чувствительный механический стимуляция живот индукция хронический панкреатит сравнение wt тучный клетка мочь играть важный роль патогенез боль хронический панкреатит | роль тучный клетка патогенез боль хронический панкреатит |
zowp10ts | Рекомбинация каждый день: обильная рекомбинация в вирусе во время заражения одного многоклеточного хозяина | Вирусная рекомбинация может существенно повлиять на эволюцию и эпидемиологию. У вирусов скорость рекомбинации зависит от частоты генетического обмена между различными вирусными геномами внутри инфицированной клетки-хозяина и от частоты возникновения таких коинфекций. Хотя скорость рекомбинации была недавно оценена в экспериментально коинфицированных клеточных культурах для нескольких вирусов, прямая количественная оценка на наиболее биологически значимом уровне, уровне инфицирования хозяина, все еще отсутствует. Данное исследование восполняет этот пробел, используя в качестве модели вирус мозаики цветной капусты. Мы распределили четыре нейтральных маркера по вирусному геному и совместно инокулировали растения-хозяева вирусами, содержащими маркеры, и вирусами дикого типа. Частоту рекомбинантных геномов оценивали через 21 день после инокуляции. В среднем более 50% вирусных геномов, восстановленных после заражения одного хозяина, были рекомбинантными, что ясно указывает на то, что рекомбинация очень часто встречается у этого вируса. Оценки скорости рекомбинации показывают, что все области генома в равной степени затронуты этим процессом. Предполагая, что в ходе нашего эксперимента произошло десять циклов репликации вируса — на основании данных о времени обнаружения белка оболочки — скорость рекомбинации на основание и цикл репликации составила порядка 2 × 10(−5) — 4 × 10(−5). Это первое определение скорости рекомбинации вируса во время заражения одного многоклеточного хозяина свидетельствует о том, что рекомбинация очень часто встречается в повседневной жизни этого вируса. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1054884/",
"pubmed_id": "15737066"
} | вирусный рекомбинация мочь существенно повлиять эволюция эпидемиология вирус скорость рекомбинация зависеть частота генетический обмен различный вирусный геном внутри инфицировать клетка хозяин частота возникновение коинфекция хотя скорость рекомбинация недавно оценить экспериментально коинфицировать клеточный культура несколько вирус прямой количественный оценка наиболее биологически значимый уровень уровень инфицирование хозяин всё ещё отсутствовать данный исследование восполнять пробел использовать качество модель вирус мозаика цветной капуста распределить четыре нейтральный маркер вирусный геном совместно инокулировать растение хозяин вирус содержать маркер вирус дикий тип частота рекомбинантный геном оценивать 21 день инокуляция среднее 50 вирусный геном восстановить заражение хозяин рекомбинантный ясно указывать рекомбинация очень часто встречаться это вирус оценка скорость рекомбинация показывать всё область геном равный степень затронуть это процесс предполагать ход наш эксперимент произойти десять цикл репликация вирус основание данные время обнаружение белок оболочка скорость рекомбинация основание цикл репликация составить порядок 2 10 5 4 10 5 это первый определение скорость рекомбинация вирус время заражение многоклеточный хозяин свидетельствовать рекомбинация очень часто встречаться повседневный жизнь это вирус | рекомбинация каждый день обильный рекомбинация вирус время заражение многоклеточный хозяин |
5dk231qs | Торсионное ограничение: новый взгляд на псевдоузлы со сдвигом рамки | Псевдоузлы мРНК выполняют стимулирующую функцию в запрограммированном рибосомальном сдвиге рамки считывания -1 (-1 PRF). Хотя ранее мы представили модель того, как псевдоузлы мРНК могут активировать механизм −1 PRF, в ней не рассматривался вопрос о роли, которую они могут играть в позиционировании мРНК относительно рибосомы в этом процессе [E. П. Плант, К. Л. М. Джейкобс, Дж. В. Харгер, А. Мескаускас, Я. Л. Джейкобс, Дж. Л. Бакстер, А. Н. Петров и Я. Д. Динман (2003) РНК, 9, 168–174]. Отдельная модель «торсионного ограничения» предполагает, что псевдоузлы мРНК увеличивают долю рибосом, направленных на остановку, при этом расположенный выше гептамерный скользящий участок расположен в участках декодирования A и P рибосомы [J. Д. Динман (1995) Дрожжи, 11, 1115–1127]. В данном случае для проверки этой модели были проведены эксперименты с использованием серии «псевдо-псевдоузлов», имеющих различные степени вращательной свободы. Результаты данного исследования подтверждают механистическую гипотезу о том, что сдвиг рамки считывания рибосомы на −1 усиливается за счет сопротивления скручиванию псевдоузла мРНК. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1072802/",
"pubmed_id": "15800212"
} | псевдоузел мрнк выполнять стимулировать функция запрограммировать рибосомальный сдвиг рамка считывание 1 1 prf хотя ранее представить модель псевдоузел мрнк мочь активировать механизм 1 prf рассматриваться вопрос роль мочь играть позиционирование мрнк относительно рибосома это процесс e п плант л м джейкобс дж харгера мескаускас л джейкобс дж л бакстер н петров далее динман 2003 рнк 9 168 174 отдельный модель торсионный ограничение предполагать псевдоузел мрнк увеличивать доля рибосома направить остановка это расположить выше гептамерный скользящий участок расположить участок декодирование a p рибосома j далее динман 1995 дрожжи 11 1115 1127 данный случай проверка модель провести эксперимент использование серия псевдо псевдоузел иметь различный степень вращательный свобода результат данный исследование подтверждать механистический гипотеза сдвиг рамка считывание рибосома 1 усиливаться счёт сопротивление скручивание псевдоузел мрнк | торсионный ограничение новый взгляд псевдоузел сдвиг рамка |
snqdma0s | Исправление ошибок в синтетической ДНК путем перетасовки консенсуса | Хотя существуют эффективные методы сборки синтетических олигонуклеотидов в гены и геномы, они страдают от наличия 1–3 случайных ошибок на кб ДНК. Здесь мы представляем новый метод, называемый консенсусным перетасовыванием, и демонстрируем его использование для значительного уменьшения случайных ошибок в синтетической ДНК. В этом методе ошибки выявляются как несоответствия путем повторной гибридизации популяции. ДНК фрагментируется, а несовпадающие фрагменты удаляются при связывании с иммобилизованным белком, связывающим несовпадающие основания (MutS). Сборка оставшихся фрагментов методом ПЦР дает новую популяцию полноразмерных последовательностей, обогащенных консенсусной последовательностью входной популяции. Мы показываем, что две итерации консенсусного перетасовывания улучшили популяцию клонов синтетического зеленого флуоресцентного белка (GFPuv) с ∼60 до >90% флуоресценции и снизили ошибки в 3,5–4,3 раза до конечных значений ∼1 ошибка на 3500 п.н. Кроме того, две итерации консенсусного перетасовывания скорректировали популяцию клонов GFPuv, где все члены были нефункциональными, до популяции, где 82% клонов были флуоресцентными. Консенсусное перетасовывание должно способствовать быстрому и точному синтезу длинных последовательностей ДНК. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1072806/",
"pubmed_id": "15800206"
} | хотя существовать эффективный метод сборка синтетический олигонуклеотид ген геном страдать наличие 1 3 случайный ошибка кб днк представлять новый метод называть консенсусный перетасовывание демонстрировать использование значительный уменьшение случайный ошибка синтетический днк это метод ошибка выявляться несоответствие путём повторный гибридизация популяция днк фрагментироваться несовпадающий фрагмент удаляться связывание иммобилизовать белок связывать несовпадающий основание muts сборка остаться фрагмент метод пцр давать новый популяция полноразмерный последовательность обогатить консенсусный последовательность входной популяция показывать итерация консенсусный перетасовывание улучшить популяция клон синтетический зелёный флуоресцентный белок gfpuv 60 90 флуоресценция снизить ошибка 3 5 4 3 конечный значение 1 ошибка 3500 п н кроме итерация консенсусный перетасовывание скорректировать популяция клон gfpuv всё член нефункциональный популяция 82 клон флуоресцентный консенсусный перетасовывание должный способствовать быстрый точный синтез длинный последовательность днк | исправление ошибка синтетический днк путём перетасовка консенсус |
1pq6dkl5 | На пути к стандартизации оценки качества РНК с использованием независимых от пользователя классификаторов следов микрокапиллярного электрофореза | Хотя общепризнано, что интактная РНК является наилучшим отражением устойчивого состояния транскрипции, не существует золотого стандарта для определения качества РНК перед анализом экспрессии генов. В этом отчете мы оценили надежность традиционных методов оценки качества РНК, включая УФ-спектроскопию и соотношение площадей 28S:18S, и продемонстрировали их противоречивость. Затем мы использовали два новых свободно доступных классификатора — системы Degradometer и RIN — для получения независимых от пользователя показателей качества РНК на основе анализа следов микрокапиллярного электрофореза. Обе системы предоставили высокоинформативные и ценные данные, а результаты оказались в высокой степени коррелированными, при этом система RIN предоставила более надежные данные. Значимость показателей качества РНК для оценки различий в экспрессии генов была проверена с помощью количественной ПЦР, которая выявила значительное снижение относительной экспрессии генов в образцах РНК разного качества, в то время как образцы схожей, даже плохой целостности, были признаны весьма сопоставимыми. Мы обсуждаем последствия этих наблюдений для минимизации артефактного обнаружения ложноположительной и отрицательной дифференциальной экспрессии из-за различий в целостности РНК и предлагаем схему разработки стандартной операционной процедуры с дополнительной регистрацией показателей целостности РНК в публичных репозиториях данных об экспрессии генов. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1072807/",
"pubmed_id": "15800207"
} | хотя общепризнать интактный рнк являться хороший отражение устойчивый состояние транскрипция существовать золотой стандарт определение качество рнк анализ экспрессия ген это отчёт оценить надёжность традиционный метод оценка качество рнк включая уф спектроскопия соотношение площадь 28s 18s продемонстрировать противоречивость затем использовать новый свободно доступный классификатор система degradometer rin получение независимый пользователь показатель качество рнк основа анализ след микрокапиллярный электрофорез оба система предоставить высокоинформативный ценный дать результат оказаться высокий степень коррелированный это система rin предоставить надёжный дать значимость показатель качество рнк оценка различие экспрессия ген проверить помощь количественный пцр выявить значительный снижение относительный экспрессия ген образец рнк разный качество время образец схожий плохой целостность признать весьма сопоставимый обсуждать последствие наблюдение минимизация артефактный обнаружение ложноположительный отрицательный дифференциальный экспрессия различие целостность рнк предлагать схема разработка стандартный операционный процедура дополнительный регистрация показатель целостность рнк публичный репозиторий данные экспрессия ген | путь стандартизация оценка качество рнк использование независимый пользователь классификатор след микрокапиллярный электрофорез |
754nln40 | Факторы, влияющие на трансляцию в запрограммированном −1 рибосомном сайте сдвига рамки считывания РНК вируса крапчатости ежи сборной in vivo | Соотношение между белками P27 и репликазой вируса крапчатости ежи сборной (CfMV) регулируется посредством запрограммированного сдвига рамки считывания рибосом на −1 (−1 PRF). Минимальный сигнал сдвига рамки считывания со скользким гептамером U UUA AAC и нижестоящей структурой «стебель-петля» был вставлен в двойной репортерный вектор и направлен на −1 PRF с эффективностью 14,4 ± 1,9% в дрожжах и 2,4 ± 0,7% в бактериях. Последовательность CfMV, кодирующая P27 и фланкирующая минимальный сигнал сдвига рамки, вызывала примерно двукратное увеличение эффективности −1 PRF как у дрожжей, так и у бактерий. Помимо ожидаемых белков слияния, в дрожжевых клетках были обнаружены продукты терминации, предположительно заканчивающиеся в месте сдвига рамки считывания. Мы предполагаем, что количество преждевременной терминации трансляции из контрольных мРНК сыграло роль в определении расчетной эффективности −1PRF. Совместная экспрессия CfMV P27 с двойным репортерным вектором, содержащим минимальный сигнал сдвига рамки считывания, снизила продукцию нижестоящего репортера, тогда как совместная экспрессия репликазы не имела выраженного эффекта. Это открытие позволяет нам предположить, что белок CfMV P27 может влиять на трансляцию в месте сдвига рамки считывания, но механизм еще предстоит выяснить. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1083427/",
"pubmed_id": "15843686"
} | соотношение белок p27 репликаза вирус крапчатость ежи сборная cfmv регулироваться посредством запрограммировать сдвиг рамка считывание рибосома 1 1 prf минимальный сигнал сдвиг рамка считывание скользкий гептамер u uua aac нижестоящий структура стебель петлить вставить двойной репортерный вектор направить 1 prf эффективность 14 4 1 9 дрожжи 2 4 0 7 бактерия последовательность cfmv кодировать p27 фланкировать минимальный сигнал сдвиг рамка вызывать примерно двукратный увеличение эффективность 1 prf дрожжи бактерия помимо ожидать белок слияние дрожжев клетка обнаружить продукт терминация предположительно заканчиваться место сдвиг рамка считывание предполагать количество преждевременный терминация трансляция контрольный мрнк сыграть роль определение расчётный эффективность 1prf совместный экспрессия cfmv p27 двойной репортерный вектор содержать минимальный сигнал сдвиг рамка считывание снизить продукция нижестоящий репортёр совместный экспрессия репликаз иметь выраженный эффект это открытие позволять предположить белок cfmv p27 мочь влиять трансляция место сдвиг рамка считывание механизм ещё предстоять выяснить | фактор влиять трансляция запрограммировать 1 рибосомный сайт сдвиг рамка считывание рнк вирус крапчатость ежи сборная in vivo |
p34ezktf | Политика здравоохранения Австралии в 2003–2004 гг. | В Австралии, по сравнению с другими развитыми странами, многочисленные и разнообразные программы, составляющие общественное здравоохранение, по-прежнему финансируются недостаточно и несистематически, особенно с учетом объема публично выраженной политической поддержки. В 2003 году основные события в политике общественного здравоохранения в области контроля инфекционных заболеваний были связаны с атипичной пневмонией и финансированием вакцинации, в то время как TGA сосредоточила свое внимание на панфармацевтическом кризисе. Были одобрены программы, направленные на поддержание здоровья и здоровое старение. Сектор высшего образования участвовал в разработке программ обучения кадров общественного здравоохранения и новых профессиональных квалификаций и компетенций. Отчет Абельсона получил поддержку зарубежных экспертов, предоставив потенциальную платформу для призывов к улучшению национального финансирования будущих австралийских профилактических программ. Однако во всех юрисдикциях сохранялись противоречия в подходах к решению национальных приоритетов в области здравоохранения. Несмотря на то, что 2004 год был годом выборов, политика в области общественного здравоохранения не была заметной, поскольку основная часть финансирования общественного здравоохранения, предусмотренного в федеральном бюджете 2004/05 года, была направлена на управление такими новыми рисками, как птичий грипп. В заключение мы предлагаем несколько выводов на будущее. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1087471/",
"pubmed_id": "15811192"
} | австралия сравнение развитой страна многочисленный разнообразный программа составлять общественный здравоохранение прежний финансироваться недостаточно несистематически особенно учёт объём публично выраженный политический поддержка 2003 год основной событие политика общественный здравоохранение область контроль инфекционный заболевание связать атипичный пневмония финансирование вакцинация время tga сосредоточить свой внимание панфармацевтический кризис одобрить программа направить поддержание здоровье здоровый старение сектор высокий образование участвовать разработка программа обучение кадр общественный здравоохранение новый профессиональный квалификация компетенция отчёт абельсон получить поддержка зарубежный эксперт предоставить потенциальный платформа призыв улучшение национальный финансирование будущий австралийский профилактический программа однако весь юрисдикция сохраняться противоречие подход решение национальный приоритет область здравоохранение несмотря 2004 год год выборы политика область общественный здравоохранение заметный поскольку основный часть финансирование общественный здравоохранение предусмотренный федеральный бюджет 2004 05 год направить управление новый риск птичий грипп заключение предлагать несколько вывод будущее | политика здравоохранение австралия 2003 2004 год |
l3z27806 | GIDEON: комплексный веб-ресурс по географической медицине | GIDEON (Глобальная сеть инфекционных заболеваний и эпидемиологии) — это веб-программа, предназначенная для поддержки принятия решений и информатики в области географической медицины. Первый из четырех интерактивных модулей генерирует ранжированную дифференциальную диагностику на основе признаков пациента, симптомов, истории контакта и страны приобретения заболевания. Дополнительные возможности включают возможность наблюдения за синдромными заболеваниями и моделирование сценариев биотерроризма. Второй модуль обеспечивает доступ к подробной и актуальной информации о состоянии 338 отдельных заболеваний в каждой из 220 стран. Более 50 000 изображений болезней, карт и созданных пользователями графиков можно загрузить для использования в обучении и подготовке письменных материалов. Третий модуль представляет собой комплексный источник информации об использовании 328 противоинфекционных препаратов и вакцин, включая список более 9500 международных торговых наименований. Четвертый модуль можно использовать для характеристики или идентификации любой бактерии или дрожжей на основе лабораторного фенотипа. GIDEON — это современный и всеобъемлющий ресурс по географической медицине. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1090610/",
"pubmed_id": "15847698"
} | gideon глобальный сеть инфекционный заболевание эпидемиология это веб программа предназначить поддержка принятие решение информатика область географический медицина первый четыре интерактивный модуль генерировать ранжировать дифференциальный диагностик основа признак пациент симптом история контакт страна приобретение заболевание дополнительный возможность включать возможность наблюдение синдромный заболевание моделирование сценарий биотерроризм второй модуль обеспечивать доступ подробный актуальный информация состояние 338 отдельный заболевание каждый 220 страна 50 000 изображение болезнь карта создать пользователь график загрузить использование обучение подготовка письменный материал третий модуль представлять комплексный источник информация использование 328 противоинфекционный препарат вакцина включая список 9500 международный торговый наименование четвёртый модуль использовать характеристика идентификация любой бактерия дрожжи основа лабораторный фенотип gideon это современный всеобъемлющий ресурс географический медицина | gideon комплексный веб ресурс географический медицина |
yz2wbpuu | Глобализация и здоровье | В этой дебютной редакционной статье журнала «Глобализация и здоровье» представлен журнал, кратко описаны его цели и задачи, а также обозначен круг его тем. Ожидается, что публикация в формате «открытого доступа» станет все более важным форматом для рецензируемых научных журналов, и то, что «Глобализация и здравоохранение» — это «открытый доступ», вполне уместно. Основание для создания журнала, посвященного глобализации и здоровью, имеет три причины: Во-первых: глобализация меняет социальную географию, в рамках которой мы можем стремиться к укреплению здоровья или профилактике заболеваний. Факторы, определяющие здоровье, — будь то вирус атипичной пневмонии или пристрастие к жирной пище — присоединились к нам в нашей глобальной мобильности. Под влиянием экономической либерализации и меняющихся технологий феномен «доступа», скорее всего, будет все больше доминировать в разворачивающемся опыте болезней и благополучия человека. Во-вторых: понимание глобализации как предмета само по себе требует определенных критериев и барометров ее успехов и неудач. Здоровье — один из таких барометров. Это маркер социальной инфраструктуры и социального благополучия, и как таковой он может использоваться как для подачи сигнала тревоги, так и для торжества, поскольку наша взаимосвязанность одновременно вредит и исцеляет население, которому мы служим. И последнее: в той же степени, в какой глобализация может оказывать влияние на здоровье, верно и то, что здоровье и болезни оказывают влияние на глобализацию, примером чего является существование карантинных законов и разрушительные экономические последствия пандемии СПИДа. Сбалансированный взгляд предполагает, что влияние глобализации на здоровье (и системы здравоохранения) не является ни всецело положительным, ни отрицательным, а скорее зависит от контекста. Если диалог, касающийся глобализации, должен быть направлен или предвзят в каком-либо направлении, то он должен быть следующим: мы должны в первую очередь думать о бедных. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1143779/",
"pubmed_id": "15847699"
} | дебютный редакционный статья журнал глобализация здоровье представить журнал кратко описать цель задача также обозначить круг ожидаться публикация формат открытый доступ стать всё важный формат рецензировать научный журнал глобализация здравоохранение это открытый доступ вполне уместно основание создание журнал посвятить глобализация здоровье иметь причина первый глобализация менять социальный география рамка мочь стремиться укрепление здоровье профилактика заболевание фактор определять здоровье вирус атипичный пневмония пристрастие жирный пища присоединиться наш глобальный мобильность влияние экономический либерализация меняться технология феномен доступ скорее весь всё большой доминировать разворачиваться опыт болезнь благополучие человек второй понимание глобализация предмет требовать определённый критерий барометр успех неудача здоровье барометр это маркёр социальный инфраструктура социальный благополучие таковой мочь использоваться подача сигнал тревога торжество поскольку наш взаимосвязанность одновременно вредить исцелять население служить последний степень глобализация мочь оказывать влияние здоровье верно здоровье болезнь оказывать влияние глобализация пример являться существование карантинный закон разрушительный экономический последствие пандемия спид сбалансированный взгляд предполагать влияние глобализация здоровье система здравоохранение являться всецело положительный отрицательный скорее зависеть контекст диалог касаться глобализация должный направить предвзятый либо направление должный следующий должный первый очередь думать бедный | глобализация здоровье |
kvhoa2se | «Полисемичный» кодон — кодон с множественным назначением аминокислот, вызванным двойной специфичностью идентичности тРНК. | У некоторых видов Candida универсальный кодон лейцина CUG транслируется как серин. Однако в большинстве случаев сериновые тРНК, ответственные за это неуниверсальное декодирование (тРНК(Ser)CAG), принимают in vitro не только серин, но и, в некоторой степени, лейцин. Эксперименты по замене нуклеотидов показали, что m1G37 имеет решающее значение для активности лейцилирования. Это открытие подтверждается тем фактом, что тРНК(Сер)ЦАГ, обладающие лейцилирующей активностью, всегда имеют m1G37, тогда как у Candida cylindracea, не обладающей лейцилирующей активностью, имеется A37. Количественное определение определенных аминоацетилированных тРНК в клетках показало, что 3% тРНК(Ser)CAG, содержащих m1G37, фактически были заряжены лейцином in vivo. Генетический подход с использованием ауксотрофного мутанта C.maltosa, обладающего этим типом тРНК(Ser)CAG, также предполагает, что ген URA3, инактивированный из-за трансляции CUG как серина, был восстановлен путем небольшого включения лейцина в полипептид, что показало, что тРНК, нагруженная несколькими аминокислотами, может участвовать в трансляции. Эти результаты являются первым доказательством того, что две различные аминокислоты соответствуют одному кодону, что естественным образом происходит в процессе трансляции у некоторых видов Candida. Мы называем этот новый тип кодона «полисемичным кодоном». | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1169711/",
"pubmed_id": "9118950"
} | некоторый вид candida универсальный кодон лейцин cug транслироваться серин однако большинство случай сериновое трнк ответственный это неуниверсальный декодирование трнк ser cag принимать in vitro серин некоторый степень лейцин эксперимент замена нуклеотид показать m1g37 иметь решающий значение активность лейцилирование это открытие подтверждаться факт трнк сера цаг обладать лейцилировать активность иметь m1g37 candida cylindracea обладать лейцилировать активность иметься a37 количественный определение определённый аминоацетилировать трнк клетка показать 3 трнк ser cag содержать m1g37 фактически зарядить лейцин in vivo генетический подход использование ауксотрофный мутант c maltosa обладать это тип трнк ser cag также предполагать ген ura3 инактивированный трансляция cug серин восстановить путём небольшой включение лейцин полипептид показать трнк нагрузить несколько аминокислота мочь участвовать трансляция результат являться первый доказательство различный аминокислота соответствовать кодон естественный образ происходить процесс трансляция некоторый вид candida называть новый тип кодон полисемичный кодон | полисемичный кодон кодон множественный назначение аминокислота вызвать двойной специфичность идентичность трнк |
cgl34ykt | Универсальная система рекомбинации РНК на основе BMV — как искать общие правила в рекомбинации РНК | В настоящее время нет сомнений в том, что рекомбинация РНК является одним из основных факторов, ответственных за возникновение новых РНК-вирусов и ретровирусов. Для исследования этого сложного явления было создано множество экспериментальных систем. В результате у нескольких вирусов были выявлены специфические структурные мотивы РНК, опосредующие рекомбинацию. К сожалению, до сих пор не сформулирована единая модель генетической РНК-рекомбинации, что обусловлено, прежде всего, трудностями прямого сравнения данных, полученных для разных РНК-содержащих вирусов. Для решения этой проблемы мы попытались создать универсальную систему, в которой можно было бы тестировать рекомбинационную активность различных последовательностей РНК. Для этой цели мы использовали вирус мозаики костра, модельный (+)РНК-вирус растений, для которого структурные требования к рекомбинации РНК хорошо определены. Эффективность новой гомомолекулярной системы была доказана в эксперименте с двумя последовательностями РНК, полученными из генома вируса гепатита С. Кроме того, сравнение данных, полученных с помощью гомомолекулярной системы, с данными, полученными ранее с использованием гетеромолекулярной системы, предоставило новые доказательства того, что механизмы гомологичной и негомологичной рекомбинации различны и зависят от способа репликации вируса. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1174899/",
"pubmed_id": "16002784"
} | настоящий время сомнение рекомбинация рнк являться основный фактор ответственный возникновение новый рнк вирус ретровирус исследование это сложный явление создать множество экспериментальный система результат несколько вирус выявить специфический структурный мотив рнк опосредовать рекомбинация сожаление сей пора сформулировать единый модель генетический рнк рекомбинация обусловить прежде весь трудность прямой сравнение данные получить разный рнк содержать вирус решение проблема попытаться создать универсальный система тестировать рекомбинационный активность различный последовательность рнк цель использовать вирус мозаика костёр модельный рнк вирус растение структурный требование рекомбинация рнк определить эффективность новый гомомолекулярный система доказать эксперимент последовательность рнк получить геном вирус гепатит кроме сравнение данные получить помощь гомомолекулярный система данные получить ранее использование гетеромолекулярный система предоставить новый доказательство механизм гомологичный негомологичный рекомбинация различный зависеть способ репликация вирус | универсальный система рекомбинация рнк основа bmv искать общий правило рекомбинация рнк |
ajlctjeb | Нейтрофильная эластаза, кислотонезависимая сериновая протеаза, облегчает снятие оболочки реовируса и инфицирование промоноцитарных клеток U937 | ПРЕДЫСТОРИЯ: Реовирусы млекопитающих естественным образом заражают своих хозяев через кишечный и дыхательный тракты. При кишечных инфекциях протеолиз внешнего капсидного белка реовируса σ3 опосредуется сериновыми протеазами поджелудочной железы. Напротив, протеазы, имеющие решающее значение для репликации реовируса в легких, неизвестны. Нейтрофильная эластаза (НЭ) — кислотонезависимая воспалительная сериновая протеаза, преимущественно экспрессируемая нейтрофилами. Помимо своей обычной роли в микробной защите, аномальная экспрессия NE может быть связана с патологией острого респираторного дистресс-синдрома (ОРДС). Поскольку репликация реовируса в легких грызунов вызывает симптомы, похожие на ОРДС, и вызывает инфильтрацию нейтрофилов, мы исследовали способность NE способствовать раздеванию вириона реовируса. РЕЗУЛЬТАТЫ: Клеточная линия человеческих промоноцитов U937 экспрессирует NE. Обработка клеток U937 ингибитором цистеиновой протеазы широкого спектра действия E64 [транс-эпоксисукцинил-L-лейциламидо-(4-гуанидино)бутан] и агентами, повышающими везикулярный pH, не подавляла репликацию реовируса. Даже при использовании этих ингибиторов в комбинации реовирус реплицировался со значительным выходом, что указывает на то, что кислотонезависимая нецистеиновая протеаза способна опосредовать снятие оболочки реовируса в культурах клеток U937. Для идентификации ответственной протеазы(-ий) клетки U937 обрабатывали форбол-12-миристат-13-ацетатом (ФМА), агентом, который индуцирует клеточную дифференциацию и приводит к снижению экспрессии кислотонезависимых сериновых протеаз, включая NE и катепсин (Cat) G. В присутствии E64 реовирус не размножался эффективно в клетках, обработанных PMA. Для непосредственной оценки роли NE в реовирусной инфекции клеток U937 мы исследовали рост вируса в присутствии хлорметилкетона N-Ala-Ala-Pro-Val, специфического ингибитора NE. Репликация реовируса в присутствии E64 была значительно снижена при обработке клеток ингибитором NE. Инкубация вирионов с очищенным NE привела к образованию инфекционных субвирусных частиц, не требующих дополнительного внутриклеточного протеолиза. ВЫВОД: Наши результаты показывают, что NE может способствовать реовирусной инфекции. Тот факт, что это происходит в присутствии агентов, повышающих везикулярный pH, подтверждает модель, в которой потребность в кислом pH во время инфекции отражает условия, необходимые для оптимальной активности протеазы. Способность реовируса использовать NE может влиять на репликацию вируса в легких и других тканях во время естественных инфекций. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1180477/",
"pubmed_id": "15927073"
} | предыстория реовирус млекопитающее естественный образ заражать свой хозяин кишечный дыхательный тракт кишечный инфекция протеолиз внешний капсидный белок реовирус σ3 опосредоваться сериновое протеаз поджелудочный железа напротив протеаза иметь решающий значение репликация реовирус лёгкий неизвестный нейтрофильный эластаз нэ кислотонезависить воспалительный сериновый протеаза преимущественно экспрессировать нейтрофил помимо свой обычный роль микробный защита аномальный экспрессия ne мочь связать патология острый респираторный дистресс синдром ордс поскольку репликация реовирус лёгкий грызун вызывать симптом похожий ордс вызывать инфильтрация нейтрофил исследовать способность ne способствовать раздевание вирион реовирус результат клеточный линия человеческий промоноцит u937 экспрессировать ne обработка клетка u937 ингибитор цистеинов протеаза широкий спектр действие e64 транс эпоксисукцинить l лейциламидо 4 гуанидино бутан агент повышать везикулярный ph подавлять репликация реовирус использование ингибитор комбинация реовирус реплицироваться значительный выход указывать кислотонезависить нецистеиновый протеаза способный опосредовать снятие оболочка реовирус культура клетка u937 идентификация ответственный протеаза ия клетка u937 обрабатывать форбол 12 миристат 13 ацетат фма агент индуцировать клеточный дифференциация приводить снижение экспрессия кислотонезависить сериновое протеаза включая ne катепсиный cat g присутствие e64 реовирус размножаться эффективно клетка обработать pma непосредственный оценка роль ne реовирусный инфекция клетка u937 исследовать рост вирус присутствие хлорметилкетон n ala ala pro val специфический ингибитор ne репликация реовирус присутствие e64 значительно снизить обработка клетка ингибитор ne инкубация вирион очистить ne привести образование инфекционный субвирусный частица требовать дополнительный внутриклеточный протеолиз вывод наш результат показывать ne мочь способствовать реовирусный инфекция факт это происходить присутствие агент повышать везикулярный ph подтверждать модель потребность кислый ph время инфекция отражать условие необходимый оптимальный активность протеаза способность реовирус использовать ne мочь влиять репликация вирус лёгкий ткань время естественный инфекция | нейтрофильный эластаз кислотонезависить сериновый протеаза облегчать снятие оболочка реовирус инфицирование промоноцитарный клетка u937 |
cl9gpt9w | Влияние заблокированных остатков нуклеиновых кислот на термодинамические свойства 2′-O-метил РНК/РНК гетеродуплексов | Сообщается о влиянии остатков заблокированных нуклеиновых кислот (LNA) на термодинамические свойства 2′-O-метил РНК/РНК-гетеродуплексов. Исследования оптического плавления показывают, что LNA, включенный в 2′-O-метилированный РНК-олигонуклеотид, обычно, но не всегда, повышает стабильность комплементарных дуплексов, образованных с РНК. Очевидны несколько тенденций, в том числе: (i) 3′-концевой U LNA и 5′-концевой LNA обладают меньшей стабилизацией, чем внутренние и другие 3′-концевые LNA; (ii) большая часть повышения стабильности достигается, когда нуклеотиды LNA разделены по крайней мере одним 2′-O-метилнуклеотидом; и (iii) эффекты замен LNA приблизительно аддитивны, когда нуклеотиды LNA разделены по крайней мере одним 2′-O-метилнуклеотидом. Предложено уравнение для приблизительного расчета стабильности комплементарных дуплексов, образованных с РНК, когда по крайней мере один 2′-O-метилнуклеотид разделяет нуклеотиды LNA. Зависимость последовательности 2′-O-метил РНК/РНК дуплексов, по-видимому, аналогична зависимости РНК/РНК дуплексов, и для 2′-O-метил РНК/РНК дуплексов представлены предварительные приращения свободной энергии ближайших соседей при 37°C. Внутренние несоответствия с нуклеотидами LNA существенно дестабилизируют дуплексы с РНК. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1201327/",
"pubmed_id": "16155181"
} | сообщаться влияние остаток заблокировать нуклеиновый кислота lna термодинамический свойство 2 o метил рнк рнк гетеродуплекс исследование оптический плавление показывать lna включить 2 o метилировать рнк олигонуклеотид обычно повышать стабильность комплементарный дуплекс образовать рнк очевидный несколько тенденция число i 3 концев u lna 5 концев lna обладать малый стабилизация внутренний 3 концевой lna ii больший часть повышение стабильность достигаться нуклеотид lna разделить крайний мера 2 o метилнуклеотид iii эффект замена lna приблизительно аддитивный нуклеотид lna разделить крайний мера 2 o метилнуклеотид предложить уравнение приблизительный расчёт стабильность комплементарный дуплекс образовать рнк крайний мера 2 o метилнуклеотид разделять нуклеотид lna зависимость последовательность 2 o метил рнк рнк дуплекс видимый аналогичный зависимость рнк рнк дуплекс 2 o метил рнк рнк дуплекс представить предварительный приращение свободный энергия близкий сосед 37 c внутренний несоответствие нуклеотид lna существенно дестабилизировать дуплекс рнк | влияние заблокировать остаток нуклеиновый кислота термодинамический свойство 2 o метил рнк рнк гетеродуплекс |
t40ybhgb | Черновые и готовые данные последовательности для разработки диагностических признаков ДНК и белков | Секвенирование геномов патогенов — дорогостоящий процесс, требующий тщательного распределения ограниченных ресурсов для секвенирования. Мы создали конвейер анализа вычислительного секвенирования (SAP) для принятия решений относительно объема геномного секвенирования, необходимого для разработки высококачественных диагностических ДНК и белковых сигнатур. SAP использует моделирование для оценки количества целевых геномов и близких филогенетических родственников (ближайших соседей или NN) для секвенирования. Мы используем SAP для оценки того, достаточно ли предварительных данных или требуется завершенное секвенирование с использованием последовательностей вирусов Марбург и натуральной оспы. Моделирование показывает, что черновик среднего и высокого качества с частотой ошибок 10(−3)–10(−5) (примерно 8-кратное покрытие) целевых организмов подходит для прогнозирования сигнатуры ДНК. Низкокачественный черновик с уровнем ошибок ∼1% (покрытие от 3× до 6×) целевых изолятов неадекватен для прогнозирования сигнатуры ДНК, хотя низкокачественный черновик NN достаточен, если целевые геномы имеют высокое качество. При прогнозировании сигнатуры белка ошибки секвенирования в целевых геномах существенно снижают возможность обнаружения сохранения аминокислотной последовательности, даже если черновик имеет высокое качество. Подводя итог, можно сказать, что высококачественный проект целевой сети и низкокачественный проект нейронных сетей представляются экономически эффективным вложением для прогнозирования сигнатур ДНК, но могут привести к недооценке прогнозируемых сигнатур белков. | {
"url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1266063/",
"pubmed_id": "16243783"
} | секвенирование геном патоген дорогостоящий процесс требовать тщательный распределение ограниченный ресурс секвенирование создать конвейер анализ вычислительный секвенирование sap принятие решение относительно объём геномный секвенирование необходимый разработка высококачественный диагностический днк белков сигнатура sap использовать моделирование оценка количество целевой геном близкий филогенетический родственник близкий сосед nn секвенирование использовать sap оценка достаточно предварительный данные требоваться завершить секвенирование использование последовательность вирус марбург натуральный оспа моделирование показывать черновик среднее высокий качество частота ошибка 10 3 10 5 примерно 8 кратное покрытие целевой организм подходить прогнозирование сигнатура днк низкокачественный черновик уровень ошибка 1 покрытие 3 6 целевой изолят неадекватный прогнозирование сигнатура днк хотя низкокачественный черновик nn достаточный целевой геном иметь высокий качество прогнозирование сигнатура белок ошибка секвенирование целевой геном существенно снижать возможность обнаружение сохранение аминокислотный последовательность черновик иметь высокий качество подводить итог сказать высококачественный проект целевой сеть низкокачественный проект нейронный сеть представляться экономически эффективный вложение прогнозирование сигнатура днк мочь привести недооценка прогнозировать сигнатура белок | черновой готовый дать последовательность разработка диагностический признак днк белок |
End of preview. Expand
in Dataset Viewer.
README.md exists but content is empty.
- Downloads last month
- 64